Qualsiasi storia delle collezioni dei musei dovrebbe giustamente iniziare con la storia delle stanze che i Papi nel corso dei secoli hanno scelto come luoghi di residenza o di preghiera e di riflessione privata. I primi, in ordine cronologico, sono la Cappella Niccolina e l’Appartamento Borgia.
Nel primo anno del suo pontificato, papa Niccolò V (Parentucelli), uno dei massimi umanisti del tempo, chiamò Beato Angelico a decorare la cappella privata dei suoi appartamenti nel Palazzo Apostolico con un ciclo di affreschi dedicati a Santo Stefano e San Lorenzo. Beato Angelico, rinomato artista oltre che frate domenicano, ha raffigurato scene della vita dei santi, tratte dagli “Atti degli Apostoli”.
Le decorazioni, ricche di dettagli e ricche di allusioni significative, fanno della Cappella Niccolina un perfetto esempio del legame tra pensiero religioso e umanistico nella pittura del Quattrocento.
Un magistrale restauro delle opere del Beato Angelico è stato eseguito nel 1995 e nel 1996.
Il successore di Niccolò V, papa Alessandro VI (Borgia) elesse ad abitare l’ala più esclusiva del Palazzo Apostolico e ne fece decorare Bernardino di Betto, detto il Pinturicchio. Nel 1494 i lavori furono completati, uno splendido ciclo di affreschi decorava le varie stanze comunicanti. Le stanze rimasero vuote dopo la morte del Papa e solo alla fine dell’Ottocento l’Appartamento Borgia fu aperto al pubblico.
Oggi la maggior parte delle stanze di Papa Alessandro VI è utilizzata per esporre la Collezione d’Arte Contemporanea inaugurata personalmente da Paolo VI nel 1973.