La storia si svolge a Firenze nei primi anni del 1500 e racconta di un gentiluomo di trent’anni di nome Callimaco che ha vissuto gli ultimi venti a Parigi, che ritorna nella città fiorentina dove conosce e si innamora perdutamente di una bellissima donna di nome Lucrezia. Lucrezia è la moglie di messer Nicia Calfucci uno sciocco uomo di legge e i due sono sposati da 6 anni, ma non riescono ad avere figli. Callimaco, innamorato di Lucrezia e pronto a tutto pur di conquistarla mette a punto un piano in accordo con il suo astuto amico Ligurio che frequenta casa Calfucci, con Sostrata la madre di Lucrezia e il poco spirituale frate Timoteo . Nel piano Callimaco si finge medico e riceve nello studio di casa propria Ligurio e messer Nicia. Il “Dottor” Callimaco prescrive una porzione, la Mandragola (dalla quale prende il nome l’opera) capace di combattere la presunta sterilità di Lucrezia che però ha una grave controindicazione: la morte del primo uomo che giacerà con la donna, dopo che essa avrà assunto la pozione. Callimaco, con abilità e approfittandosi della stoltezza di messer Nicia lo convince, per una notte, a cedere la propria moglie ad un “garzone qualunque” (naturalmente sarà Callimaco travestito) che egli stesso, Callimaco (Fra’ Timoteo travestito), Ligurio e lo stesso marito rapiranno in strada e porteranno nel letto della moglie. Messer Nicia a sua volta dovrà convincere la moglie a sottoporsi alla terapia proposta. Sostrata, la madre di Lucrezia convincerà Lucrezia ad andare da frate Timoteo, al quale Ligurio promette una ricchissima elemosina (naturalmente elargita dallo stolto messer Nicia) in cambio della sua opera di persuasione di Lucrezia. La notte dell’inganno tutto va come Callimaco ha previsto e i due amanti giacciono insieme . Il giorno dell’inganno Ligurio, Siro e messer Nicia si travestono per l’agguato al “garzonaccio”, accompagnati da fra’ Timoteo travestito da Callimaco. Callimaco, a sua volta, si traveste da “garzone”. L’agguato viene compiuto e i compari si separano davanti alla soglia di casa Calfucci. Sarà proprio l’ignaro messer Nicia ad introdurre il “malcapitato” nella camera della moglie. Quella notte fra Lucrezia e Callimaco nasce l’amore e la donna decide di accettarlo come suo amante e accoglierlo a casa Calfucci come compare del marito.