Il Museo, posto di fronte al Cenacolo Vinciano, ospita i seguenti ambienti:
1) Il Borgo (Cortile di Portaluppi)
2) La Sala dello Zodiaco, con la volta affrescata con le raffigurazioni dei pianeti, e con altri rappresentazioni allegoriche e simboliche
3) Sala dei ritratti
4) Studio di Ettore Conti, conte di Verampio (1871-1972),è stato un ingegnere, politico, imprenditore e dirigente d’azienda
5) Sala dello Scalone, che conduce all’ Appartamento Portaluppi del primo piano, che apre al pubblico solo in occasioni speciali.
6) Esterno della casa Atellani che si affaccia sul Giardino delle delizie, luoghi di incontri di Leonardo con Cecilia Gallerani e svariati uomini di cultura del tempo, come dimostrato anche da Luca Beltrami, studioso di Leonardo (1854-1933)
7) La vigna di Leonardo in fondo al Giardino delle delizie